Baza elitarnej jednostki G.I. Joe zostaje zniszczona, a sama grupa niemal całkowicie wymordowana. To skutek spisku przeciwko żołnierzom, który powstał na najwyższych szczeblach władzy. Ocalali członkowie ekipy, Roadblock (Dwayne Johnson), młody Duke (Channing Tatum) i Jaye (Adrianne Palicki), próbują się dowiedzieć, kto stoi za atakiem. Superżołnierze pod wodzą generała Coltona (Bruce Willis) walczą nie tylko o przywrócenie porządku na Ziemi, lecz także o odzyskanie dobrego imienia.