Peru, lata 40. XVIII w. Inkwizycja tropi wszelkie przejawy herezji. Zakonnik, brat Juniper (Gabriel Byrne), wydaje książkę o roli przeznaczenia w życiu człowieka. Przedstawia w niej losy pięciu osób, które zginęły w górach, gdy zerwał się tam most. Arcybiskup Limy (Robert De Niro) uznaje ją za herezję. Podczas procesu mnich opowiada historie życia bohaterów swojego dzieła.