W laboratorium firmy farmaceutycznej opracowano nowy, śmiertelny wirus. Sean Ambrose (Dougray Scott) wykrada cenne próbki. Chce je dostarczyć przedsiębiorstwu, które stworzyło antidotum. W zamian ma otrzymać udziały w zyskach z produkcji leku, którego sprzedaż w czasie epidemii zapewni mu wielkie pieniądze. Agencja rządowa zleca agentowi Ethanowi Huntowi (Tom Cruise) odnalezienie próbek wirusa. Pomaga mu złodziejka Nyah Nordoff-Hall (Thandie Newton).